Os desafios referentes à escrita da história dos antigos hebreus são, em primeiro lugar, desafios historiográficos. Questões tais quais os tratamentos das fontes, a natureza das fontes, a maneira de interpretar os dados e as concepções inerentes ao processo de redação dessa história são as mais discutidas recentemente. As fontes para a história dos antigos hebreus, por exemplo, são as mais diversas possíveis: documentos escritos (a Bíblia sendo, de longe, a fonte mais rica de informações escritas, embora não a única), epigrafia, iconografia,arqueologia, línguas, etc. Tradicionalmente, a história dos hebreus antigos foi (e em alguns meios ainda é) recontada a partir de um viés unicamente bíblico, mais ou menos crítico, seguindo o modelo: patriarcas, escravidão no Egito, êxodo, conquista, Império, exílio. Essa prática está associada a perspectivas religiosas e a uma concepção de história, típica do princípio do século XIX, na qual o documento escrito era considerado mais relevante que outras fontes. Sob esta perspectiva teórica, a cultura material era empregada como mero instrumento ilustrativo. Ademais, nessa época, as interpretações dos dados assumiam fortes conotações nacionais e políticas, uma vez que a institucionalização da História estava estreitamente vinculada ao processo de organização de identidades nacionais. Por conseguinte, muitas interpretações da história hebraica incorporaram elementos anacrônicos do nacionalismo judaico. Diversas escolas historiográficas surgidas desde o fim do século XIX até o começo do século XXI (como os Annales) contribuíram para redefinir essas práticas, focando em fatores sociais, econômicos, demográficos, culturais, etc. e utilizando novos métodos e novos documentos.
A escrita da história dos antigos hebreus segue, portanto, uma série de métodos próprios do campo da História. Os primeiros autores a aplicar o método crítico à Bíblia hebraica, tratando-a como um documento histórico, foram W. de Wette e Julius Wellhausen , ainda no século XIX. Wellhausen criou uma tese extremamente popular entre os biblistas, conhecida como “Hipótese Documentária”, onde argumentava que a Bíblia havia sido redigida por diversos grupos e, mais tarde, editada. Segundo o historiador, as fontes originais do Pentateuco poderiam ser divididas em quatro grupos: Javista (J), Elohísta (E), Deuteronomista (D) e Sacerdotal (P, do inglês Priestly). Essas diferenças foram encontradas pela análise das repetições, dos anacronismos, dos relatos duplicados, do estilo da escrita, entre outros aspectos do texto bíblico.